造紙過程中常見的微生物種類有細菌和真菌（包括酵母菌和粘液菌）。各種微生物生長的共性是要有足夠的碳源、氮源和礦物質，其次是適宜的溫度，最好為室溫。對堿性造紙微生物以細菌種屬為主；而對酸性造紙則以真菌為主。

細菌：細菌是一種普遍存在于自然界中的原核生物，即單細胞生物。細菌基本的形狀有球狀、桿狀和螺旋狀等。細菌的細胞膜包含了細胞質、遺傳物質和酶等，它是細胞與外界進行新陳代謝的橋梁。大多數種類細菌的外層都有一層堅硬的細胞壁，它是由細菌特有的一類肽聚糖構成。細菌的體積較小，其細胞的直徑一般在1~500微米。細菌適宜在堿性范圍內、溫度在25~30℃之間繁殖，對氧氣的需求一般，其新陳代謝的產物主要有氨、胺、酸和二氧化碳氣體等。 在造紙過程中細菌是主要大量存在得微生物種類，也是引起微生物污染的主要元兇。因為它們有著非常簡單的結構，能夠很快的適應周圍的環(huán)境。并且在造紙過程中有著非常有利于細菌生長繁殖的環(huán)境，特別是堿性造紙。

真菌：真菌是一種普遍存在的單細胞或多細胞（包含多核細胞）生物，其中真核類的細胞中不含有葉綠素。和細菌不同，大多數種類真菌的細胞壁是由多聚糖構成。真菌可以分為兩大類：真菌類和粘液菌類。 大部分真菌的細胞壁上都連接著一種叫作菌絲的物質，菌絲是一種管狀的有分枝或無分枝的細絲，大量的菌絲連接在一起形成菌絲體。例如酵母這種在造紙過程中常見的真菌，它的菌絲體可以延伸很大的范圍，以幫助酵母菌從周圍的環(huán)境中獲得更多的營養(yǎng)元素。

在造紙過程中真菌主要以酵母和粘液菌的形式存在。和細菌相比真菌是一種體積大而且更復雜和更特殊得微生物（體積是細菌的50倍）。許多真菌具有很強的抗?jié)B透性，例如在一些造紙助劑中有可能發(fā)現真菌類微生物。另外，真菌能夠適應很寬的pH值范圍，尤其在酸性范圍內。真菌也能夠在很高的溫度下（50℃以上）生存。但是與細菌相比，真菌在造紙過程中的數量很少，因為其生長繁殖的速度要比細菌小得多。

粘液菌一般會在紙機上形成纖維狀或絨毛狀的沉淀物或生物膜，而酵母則較易形成橡膠狀或皮革狀的生物膜。任何一種生物膜都有可能帶有顏色。當粘液菌和酵母菌存在于漿料或白水中時，纖維、填料、化學助劑和其他一些微生物都會被吸附在由粘液菌和酵母菌形成的生物膜或沉淀物中，直到脫落進人到漿料中。由于真菌的含量較少與細菌相比其形成生物膜或沉淀物的可能性要小的多。真菌對造紙化學品如瓷土、淀粉、二氧化鈦、鋁土和涂料等有著重要的影響。其中，鋁土最容易受到污染，使其pH值波動而產生沉淀，從而堵塞設備。